A gaivota-tridáctila já nidificou nas Berlengas no final dos anos 1970. Resultado de uma expansão natural que levou à colonização de outras áreas na costa ibérica, nas Berlengas, estabeleceu-se uma pequena colónia no ilhéu O-da-Velha que chegou a ter 13 casais em 1979. Este é o local mais a sul onde se registou reprodução desta espécie. No entanto, o reduzido sucesso reprodutor da gaivota-tridáctila nas Berlengas, levou ao seu desaparecimento a partir de 1982. Em Portugal a gaivota-tridáctila está Regionalmente Extinta (RE) como reprodutora. 

Atualmente, a gaivota-tridáctila ocorre nas águas de Portugal Continental sobretudo no outono e no inverno. Distribui-se de norte a sul mas parece ser mais abundante na metade norte da ZEE, no entanto, a sua abundância depende das condições meteorológicas nos territórios mais a norte e em alto mar. As aves que nos visitam durante o inverno parecem ter origem predominantemente nas colónias norueguesas e no Reino Unido.