A degradação da flora das Berlengas deve-se, entre outras causas, à expansão do chorão na ilha. O chorão é uma planta exótica invasora e foi introduzido nas Berlengas por motivos ornamentais. No entanto, a sua taxa de crescimento levou a que, em poucas décadas, amplas áreas da ilha da Berlenga tenham ficado completamente cobertas por espessos tapetes desta planta, que impedem que as espécies nativas da flora se fixem. A remoção manual, apesar de trabalhosa, é o método mais aconselhado para o controlo da espécie.

Também a presença de gaivota-de-patas-amarelas representa um desafio à conservação das aves marinhas e da flora autóctone das Berlengas. As gaivotas-de-patas-amarelas aumentaram nas últimas décadas, de 5000 casais em 1983 para 45000 indivíduos em 1994. Este aumento deveu-se à elevada disponibilidade de alimento, obtido facilmente em lixeiras ao longo da costa de Leiria e Lisboa, e junto das embarcações e dos portos de pesca. A espécie tornou-se superabundante nas Berlengas o que levou à necessidade de intervenção humana para baixar o efetivo populacional, com o objetivo de combater a degradação do ecossistema das Berlengas. Atualmente existem 13 000 indivíduos. A grande concentração de gaivotas-de-patas-amarelas resulta na alteração dos parâmetros químicos do solo, devido à excessiva nitrificação proveniente dos seus dejetos, e que leva à morte de plantas como a arméria-das-berlengas. Por outro lado, as gaivotas predam as lagartixas-das-berlengas e, até, as crias de outras aves marinhas. Para além dos impactos negativos que têm sobre a restante biodiversidade das Berlengas, as gaivotas-de-patas-amarelas frequentam campos agrícolas, portos de pesca e outras zonas urbanas, o que contribui para conflitos com o homem.