Apesar da localização e fácil acessibilidade das Berlengas, as suas populações de aves marinhas são ainda pouco conhecidas, havendo muitas lacunas de informação importantes para a conservação da cagarra (Calonectris borealis), do roque-de-castro (Hydrobates castro), da galheta (Phalacrocorax aristotelis) e do airo (Uria aalge). Desconhecem-se ainda aspetos acerca da dinâmica das suas populações, dos efeitos da predação por rato-preto e por gaivota-de-patas-amarelas, a utilização do mar e interações com os barcos e artes de pesca, e os impactos causados por outras atividades humanas.

A morte acidental de aves marinhas por interação com as atividades pesqueiras é ainda amplamente desconhecida em Portugal. Estudos pioneiros no nosso país identificaram que as redes de emalhar, palangres e redes de cerco são as artes de pesca com maior impacto nas populações de aves marinhas. As espécies mais suscetíveis são aquelas que se alimentam mergulhando em busca de peixe ou pequenos cefalópodes, tal como o airo, a cagarra ou a galheta. Por exemplo, sabe-se que o airo é muito suscetível à morte por afogamento ao ficar preso nas redes de emalhar enquanto procura alimento, tendo a sua população nas Berlengas decrescido de forma dramática de 6000 casais em 1939 para apenas um casal reprodutor observado em 2002. É por isso importante estudar os locais onde estas aves procuram preferencialmente o seu alimento para perceber o impacto que as pescas podem ter e tentar arranjar alternativas para este fenómeno. Existem atualmente medidas de mitigação testadas ao nível internacional que vão ser testadas no LIFE Berlengas.

A presença de rato-preto, uma espécie que foi acidentalmente introduzida na ilha da Berlenga

A presença de rato-preto, uma espécie que foi acidentalmente introduzida na ilha da Berlenga, pode ser uma séria ameaça à conservação das aves marinhas. O rato-preto é um conhecido predador de crias de cagarra e de adultos de outras espécies de aves marinhas em diversas ilhas do mundo, existindo fortes evidências dos seus efeitos negativos na ilha da Berlenga. Atualmente é muito provável que seja a presença dos ratos-pretos que impeça a nidificação do pequeno roque-de-castro na ilha da Berlenga. O coelho também foi introduzido nas Berlengas e tem um impacto considerável na flora da ilha.